而接下来的逃跑同样付出了惨重的代价，火枪与火炮丝毫没有留情。
五千人出击，原本是想摧毁敌人的炮兵阵地，结果冲锋的路上损失了将近一千五百人，后退的路上损失了好几百人，能够逃回城内的已经不足三千。而看对方估计伤亡一百都不到吧。
接着府内城的北城墙又迎来了密集的炮弹。大友宗宝也早就闻讯前来，看到这情形也是摇摇头，只是下令城墙上的守军躲藏好。好在敌人的步兵数量有限，炮兵压制之下并没有发起攻城。
北门的动静也惊动了东门的岛津正宏和南门的加藤清正。两人先后派遣斥候前来查看就看到了赤井直正率兵杀出和狼狈逃回的全过程。等到这些斥候回到各自阵地将情况一说，岛津正宏和加藤清正二话不说合兵一处直接带着人来到了北门，这是要凭借炮火的掩护强攻北门了。
孔有德也不含糊，下令个炮位重新校正位置和射程，将大部分炮弹都送到了城墙的后端甚至城墙内。然后加藤清正和岛津正宏分散在城墙的两侧开始了攻城。因为有了火炮的掩护，大部分守军并没有能够及时阻挡两家的攻城队伍，一直到敌人登上城墙，火炮停止发射，才有守军陆陆续续爬上城墙与敌人对战。
不得不说大友宗宝和赤井直正都是将才，手下的将士也十分英勇，加糖清蒸两人的攻城队伍被一次又一次地压下来。城墙上下一篇尸山血海。
孔有德看得真切，不得已再次将炮兵阵地前移，对准了城墙内侧开炮，这样几轮之后才逐渐压制了守军。加藤清正和岛津正宏也终于登上了城墙。
然后是灿烈的巷战，大友宗宝和赤井直正是寸土不让，加藤清正和岛津正宏则急于分赃，双方是杀红了眼。不得已孔有德只好让陆战营跟上，两千火枪手代替了加藤清正和岛津正宏占据了北门城墙。一门门的火炮也陆续运到城墙上。在火枪和户火炮的双重支援下，加藤清正和岛津正宏总算占据了上风，逐渐将城内的守军压向了城主府。
只是夜幕降临，双方不得已就此罢兵，加藤清正和岛津正宏回到城墙底下。孔有德则让火枪手回到城外的营地，并且请求毛钰继续增加人手。
第二天天一亮，北城墙的火炮率先向城内发动了攻击，在大友家的军队后撤之后，加藤清正和岛津正宏才在孔有德的火枪支援下开始前进。而南北两侧却各有以前陆战队员的火枪手沿着城墙移动。陆战队的八个营已经全部出动。
无论是兵力还是火力占据了绝对优势的进攻方终于将城内的守军全部困在了城主府。
大友宗宝自知援军被切断，腹内城这点人肯定顶不住三方的联军，于是派遣人前来求和。条件是归还岛津家的两座城池，并且将靠近加藤清正主城的一座城池交给加藤清正。至于毛钰当然是白银加上粮食。如果没有毛钰做后盾，这两家其实能够取得这样的战绩是满意的。但是毛钰是想要一个听话的九州，他需要向倭国倾销物品和掠夺白银。大友宗宝显然不是一个好的合作伙伴，因而也没有存在的必要。
于是谈判哈偶无意外地破裂，大友宗宝试图突围却被城墙上的火枪手压力回去，龟缩在城主府的守军已经不足两千，其他的守军不是阵亡就是逃散活着干脆做了俘虏了。虽然加藤清正和岛津正宏损失也十分惨重，但是总人数上还是压倒了大友宗宝。
攻陷城主府就更加简单，孔有德直接从城墙上拉过来10门火炮，对准了大门一阵齐射，两轮之后大门四分五裂。加藤清正和岛津正宏的人一拥而入，大友宗宝和赤井直正都成为了俘虏。
接下来瓜分大友家财产的事情就按照实力说话，毛钰也不强来，对于两家没什么用处的白银自然是全部笑纳，一百多万白花花的银子说明了大友家的实力。二十万石的库存粮食则一份为三，毛钰拿走六万，剩下的两家平分用来暴兵，关于腹内城的归属，加藤清正和岛津正宏发生了分歧，从距离上府内城距离加藤清正的控制区更近，但岛津家的水师更强大，从鹿儿岛到腹内并不算太远。毛钰的建议是双方合兵将大友家的全部地盘打下来再分。整个九州岛最终也就只剩下加藤家和岛津家。加藤清正由于占据了平户这个对大明和朝*鲜的贸易城市，从而膨胀了加藤的野心。
各方约定毛钰先行前往四国沿着东南海安县剿灭淡路水军、熊野水军、骏府水军之后进入江户湾，加藤清正和岛津正宏暴兵之后迅速占据九州个城池，然后从大阪登陆袭扰京都一带打通与丰臣家的联系。一旦控制京都地区，将让德川家失去对九州、四国以及本洲西南部毛利家等大名的控制。
不说加藤清正和岛津家这两个德川幕府的反对派在九州岛上疯狂前股东地盘。毛钰在府内城断站休整制后，对船队进行重新编组，十六艘晴朗战舰为前锋，三艘白虎建、八艘青龙舰、十四搜青鸾舰为中军，十三艘武装商船和所有的补给船、运输船编组为后队。八艘侦察快船则游弋在各队之间。
沿着下场的海湾，船队一路向东北放下前进，活跃于日本本土和四国岛之间的单路水军实力并不强，原因是日本东南部的各大名都有自己的水军或者合作水军。比如当年的熊野水军是织田信长的铁杆，骏府水军则是德川家的私兵。游离于各大名之间的淡路水军并没有太大的发展空间，不过他们还是拥有打下船只五六十艘，如果非要做一个参照的话，那就是相当于南日岛如今的水平，不过海盗的战斗力肯定远不如南日岛。
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